Nejvyšší kontrolní úřad na základě vlastního šetření zjistil, že při budování a provozu mýtného systému v tuzemsku činily celkové náklady až třetinu z vybraných peněz. Ve srovnání třeba s elektronickým mýtem v Rakousku jde o mnohem vyšší podíl. 

V letech 2007 až 2016 dosáhly celkové náklady na zavedení a provoz mýtného systému více než 24 miliard korun, přičemž ministerstvo na mýtném vybralo 78,5 miliardy korun. Průměrná celková nákladovost mýtného systému tak dosahovala přibližně 31 procent – tedy na 100 tisíc korun příjmů z mýtného připadlo 31 tisíc korun nákladů na jejich výběr. To je podle NKÚ vysoká hodnota. Průměrná provozní nákladovost za celé období – tedy bez zohlednění nákladů na vybudování mýtné infrastruktury – činila 24 procent. Pro srovnání lze uvést, že předchozí kontrola NKÚ zaměřená na mýtný systém ukázala, že v Rakousku, které využívá podobnou technologii jako Česká republika, tato hodnota dosahovala jen 12 procent.

Na celkových nákladech spojených s mýtným systémem se podepsala i neujasněnost a časté změny řešení způsobu a rozsahu výběru mýtného, uvádí NKÚ. Ministerstvo dopravy například zaplatilo v roce 2008 přes 770 milionů korun za satelitní rozhraní pro zpoplatnění silnic I. až III. třídy, které ale pro výběr mýtného nikdy nevyužilo. Část z pořízené technologie v hodnotě 189 milionů korun resort bez využití zlikvidoval. Dalším dopadem neujasněného řešení a častých změn je například i pozdní zavedení evropské služby elektronického mýtného za 372 milionů korun. Ta měla být v provozu nejpozději v roce 2012. Resort dopravy se ale touto službou začalo zabývat až rok po tomto termínu a nakonec ji zavedlo s pětiletým zpožděním až v roce 2017.

Časté změny v možném řešení výběru mýtného měly vliv i na výběr dodavatele systému po roce 2016. Varianty způsobu výběru ministerstvo dopravy měnilo ještě v roce 2016, kdy už měla skončit smlouva se stávajícím dodavatelem, přičemž žádné z možných řešení nevycházelo z ucelené koncepce a objektivní analýzy možností. Ministerstvo dopravy se navíc začalo pozdě (až v roce 2015) zabývat závislostí na jednom dodavateli, na kterou NKÚ upozornil už v jedné z předchozích kontrol. To vše vedlo k tomu, že resort prodloužil smlouvu se stávajícím dodavatelem mýtného systému o tři roky až do roku 2019, a to zadáním ve formě jednacího řízení bez uveřejnění (JŘBU). Odůvodnil to mj. tím, že potřebuje čas pro přípravu soutěže na nový mýtný systém, a také tím, že by jinak po ukončení smlouvy se současným dodavatelem nebylo mýtné vybíráno. Zadání pomocí JŘBU bylo ale podle NKÚ v rozporu se zákonem, protože do této situace se ministerstvo dopravy dostalo samo svými kroky.

V prodloužené smlouvě zůstaly i některé body, které jsou podle NKÚ neopodstatněné. Ministerstvo dopravy například nevysvětlilo, proč chce vynaložit 58 milionů korun na vztahy s veřejností v souvislosti s mýtným systémem, který funguje od roku 2007, a je tedy již všeobecně známou věcí. Dodavatel má také v letech 2017 až 2019 obnovovat jednotlivé součásti mýtného systému, přičemž resort ale nijak nepracoval s tím, že obnovovat systém ještě i krátce před plánovaným ukončením jeho provozu nemusí být hospodárné. Za tuto službu zaplatí minimálně 258 milionů korun. Stejný problém se přenesl i do zakázky na provozování mýtného systému v letech 2020 až 2029 s předpokládanou hodnotou 29 miliard korun. I v těchto letech má dodavatel po celou dobu provozu systém obnovovat bez ohledu na termín ukončení provozu systému.